A kiscsoportos lelkigyakorlatok megszervezése több energiát igényel a tantestület részéről, mint amennyit egy prédikációs lelkigyakorlat igényelt, ahol több évfolyamnyi dákot összegyűjtöttünk a templomban vagy a díszteremben. A kiscsoportos lelkigyakorlat osztálykeretben történik. A Váci Piariasta Gimnáziumban ötödikesek a legfiatalabbak, és tizenkettedikesek a legidősebbek. Az 5. évfolyamtól a 8. évfolyamig kétnapos lelkigyakorlatot szervezünk évente egyszer. A nagyobbaknak háromnaposat. Nem mindig sikerül megvalósítani, de igyekszünk mindig kiszakadni az iskola megszokott környezetéből, és elmenni máshova lelkigyakorlatozni, pl. egy üres plébániára. Az ötödikesek és a hatodikosok este hazamennek aludni, a többiek ott alszanak a lelkigyakorlat helyén. Korábban próbálkoztunk azzal, hogy több osztály együtt lelkigyakorlatozzon, de ez nem vált be. Azóta minden osztály külön lelkigyakorlatozik.

A lelkigyakorlat idejére az osztályt kisebb csoportokra osztjuk. Kb. 8 fő az ideális létszám. Legalább 6 és legfeljebb 10 fő egy csoportban, ami jól működik. Így pl. egy 30 fős osztályt 4 csoportra szoktunk osztani. A csoportbeosztást az osztályfőnök végzi. Jó, ha a fiúk és a lányok létszámának aránya kb. megegyezik az egyes csoportokban. Arra is ügyelni kell, hogy azok, akik hajlamosak arra, hogy egymást erősítsék a rendbontásban, ne kerüljenek egy csoportba. Könnyebben megnyílnak egymás előtt, akik jóban vannak egymással, de annak is van előnye, ha valaki olyanokkal kerül egy csoportba, akikkel nemigen szokott beszélgetni, mert így közelebb kerülhet hozzájuk is. Előfordul, hogy az osztályfőnök úgy látja jónak, hogy sorsolás alapján álljanak össze a csoportok. Van, aki néhány diákra bízza rá, hogy készítsen egy jó beosztást.

Előfordul, hogy egynemű csoportokat (fiúcsoportokat és lánycsoportokat) hozunk létre. Ezt főként a kisebbeknél találjuk hasznosnak.

A lelkigyakorlatvezető egy osztály lelkigyakorlatát vezeti. A kiscsoportos lelkigyakorlatokban jártas szerzetes vagy világi tanár. Összefogja és segíti a csoportvezetők munkáját. Többnyire ő maga is vezet csoportot. A csoportvezetők általában a tanárok, a szülők, az öregdiákok vagy a jelenlegi idősebb diákjaink közül kerülnek ki.